处理违反公司工作制度的情况需要采取适当的措施，以维护组织的纪律和秩序。以下是一些常见的处理方法：

1. 警告和口头提醒：对于轻微的违规行为，可以先进行口头提醒或警告，明确违规行为的不可接受性，并要求员工进行改正。

2. 书面警告：如果问题持续存在或属于较严重的违规行为，可以向员工发出书面警告，详细说明违规行为的性质、后果和必须采取的纠正措施。

3. 纪律处分：根据公司制度和政策，采取适当的纪律处分，如罚款、停职、降职或解雇等。此举可能需要遵循特定的程序和法规，确保公平和合法。

4. 培训和辅导：有时候员工的违规行为可能是由于缺乏理解或培训，可以提供相应的培训和辅导，帮助员工理解和遵守公司的工作制度。

5. 内部调查：对于严重的违规行为，可能需要进行内部调查，以了解情况的全貌，并采取适当的纠正措施。

6. 改进工作制度：如果某个违规行为反复发生，可能需要重新审视和改进公司的工作制度，以减少类似问题的发生。

请注意，在处理违反公司工作制度的情况时，应确保公正、透明和合法。在采取行动之前，建议与相关部门（如人力资源部门或法务部门）合作，了解公司政策和法律要求，并遵循适用的程序和程序。